沙眼衣原体的实验室检查包括病原学方法和非病原学方法。病原学方法包括衣原体直接镜检、衣原体培养、衣原体抗原检测（ 免疫层析法、酶联免疫法和直接免疫荧光法）、衣原体核酸检测（包括核酸探针杂交和PCR）；非病原学方法包括衣原体抗体检测（用 衣原体抗原检测血中特异的衣原体抗体）、组织病理和尿白细胞计数。本篇内容主要介绍标本直接检查。
一、直接显微镜检查
1、Giemsa染色或碘染色
Giemsa染色或碘染色临床标本的衣原体直接镜检C.t可在敏感细胞中增殖，在细胞中形成包涵体。用拭子搽落或白金耳刮落含有 包涵体的黏膜细胞直接涂片，做Giemsa染色或碘染色，如发现有一定数量的具有特征性的包涵体则可作出诊断。
此法简便易行，但仅适用于新生儿眼结膜炎刮片的检查，对泌尿生殖道沙眼衣原体感染的诊断不够敏感，一般不直接应用于临 床标本的检测。
2、直接免疫荧光试验（DIF）
已有15种血清型的衣原体主要外膜蛋白制成单克隆抗体，并用荧光素做标记。当标本中存在衣原体时，针对沙眼衣原体主要外 膜蛋白或脂多糖的单克隆抗体与相应的抗原结合，单克隆抗体标有荧光素，在荧光显微镜下，阳性者可见到亮苹果绿的原体和始体。
此法诊断沙眼衣原体感染的敏感性为70%～90%，特异性为83%～99%。30～40分钟即可出结果。标本的贮存和运送方便，标本中 的沙眼衣原体不必是存活的或是有感染性的。由于已经有商品化的试剂盒供应，方便了使用。因而有些实验室将它和衣原体培养并列为 扩大的“金标准”。缺点是在低感染率的人群中敏感性差，受实验人员的主观影响大。
它最适宜用来检测沙眼衣原体高流行率人群（如性病门诊患者）。
二、酶联免疫吸附试验
先将处理过的固相载体（微孔或珠子）和标本一起孵育，如标本中含有衣原体，即可吸附于固相载体上。把未结合的物质洗去 后，再将固相载体与抗衣原体抗体结合，然后再加入含有辣根过氧化物酶的抗体（二抗），二抗能与固相载体上的抗原抗体复合物发生 反应。然后再加入底物和邻苯二胺溶液，酶能将其氧化成桔黄色，颜色的深浅和抗原的量成正比，颜色可用酶标仪测出，当标本的吸收 值大于或等于阈值时则视标本中含有C.t。
此法的一个显著优点是自动化程度高，可同时检测大批量标本，敏感性较高（67%～90%），特异性强（92%～97%），阳性预期 值基本可靠（32%～87%）。用仪器判定结果，结果较为客观。
最适宜用来检测沙眼衣原体高流行率人群。在低流行率的人群中应用时，解释结果宜慎重。
三、胶体金免疫沉淀法 该法是将附有衣原体单抗的乳胶颗粒（胶体金）复合物吸附于滤纸上，将滤纸夹在两块塑料板中间。如加入的标本中含有衣原体抗原， 则标本中的抗原与结合有乳胶（胶体金）的单抗结合。复合物由于毛细作用向前扩散移动，在结果窗中与二抗结合作用出现一条红线， 标本即为阳性。
本试验敏感性为87%，特异性为98.8%。试验方法简单，出结果快。但敏感性较差，标本需要有一定量的抗原，抗原含量低时可 出现假阴性。
四、分子生物学方法 近年来，随着分子生物学的飞速发展，许多分子生物学诊断方法相继出现，核酸杂交（核酸印迹法、斑点印迹法和组织原位杂交法等） 特别是核酸扩增试验已不断用于衣原体的诊断。
1、核酸杂交
核酸杂交是最早用于衣原体诊断的分子生物学方法，其基本原理是具有一定同源性的二条核酸单链在一定条件下（适当的温度 和离子浓度等）按碱基互补的原则形成双链。杂交过程高度特异，杂交的双方是探针和待检核酸，待检核酸是衣原体特异的基因或质粒 DNA，探针用放射性同位素或非放射性物质标记，以利于信号的检测。根据C.t染色体和质粒的DNA序列设计DNA探针。
目前已有诊断衣原体的商品化探针试剂盒，它是利用标记有荧光素吖啶橙的单链 DNA 来检测靶衣原体中的rDNA。当形成一定的 RNA-DNA复合物后，通过化学发光仪读出结果，敏感性和特异性分别为70%～92%和97%～98%。
2、核酸扩增
核酸扩增试验是继核酸杂交试验之后又一个重要的检测手段。试验通过对特定对象（靶DNA）的扩增放大，使检测的敏感性大大 提高。
目前使用最广泛的是聚合酶链反应（PCR）。测定衣原体DNA，敏感性80%～92%，特异性99%（男性患者尿道标本和生殖道标本无 差别，女性尿道标本的敏感性较阴道标本低）。用于诊断沙眼衣原体感染的PCR法已有商品化试剂盒。
PCR法诊断泌尿生殖道沙眼衣原体感染的敏感性高，在细胞培养阴性者亦能检测出沙眼衣原体感染。一种PCR（以质粒DNA顺序为 引物）阳性而培养阴性的标本可以用另一种PCR（以不同的质粒DNA顺序或主要外膜蛋白基因顺序为引物）证实，说明可能并非是PCR假 阳性结果。然而，也有报告由于“残留”污染而造成PCR假阳性，或因标本中含有Taq酶抑制物质而使PCR呈假阴性。在PCR反应体系中加 入内参照可以发现假阴性问题，此时可将标本以反复冻融几次或冻存较长时间或稀释等方法来解决。
临床上，PCR的结果应该结合病史和治疗情况进行分析，必要时重复取材或在另一部位取材作试验。沙眼衣原体核酸扩增技术的 另一进展是可用清晨首次尿（或禁尿4小时后的首次尿）作为标本。美国2015年性传播疾病诊疗指南中，沙眼衣原体的诊断提到的 方法就是NAATs，并且提到了清晨首次尿同样可以用于沙眼衣原体感染的诊断。由于尿液取材方便，对患者无侵害，因此这种方法适合 于在不同人群中进行大规模筛查，也适合于边远地区标本采集后运送至中心实验室进行检测。
PCR检测技术在衣原体感染中的应用前景是：C.t 泌尿生殖道感染的早期诊断，尤其适用于无症状携带者或轻症患者的诊断；做 衣原体感染的分子流行病学调查，为性传播疾病的监测提供依据。
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