取样的质量对沙眼衣原体的检测极为重要。沙眼衣原体的检测质量有赖于准确的样品收集技术，应使样品中含有大量的细胞成分而不只是体液。
宫颈样品：
1、使用消毒宫颈拭子，或消毒的亚麻、涤纶拭子。在取样前用另外的拭子或棉球将宫颈口外区域的黏液抹去，将取样拭子插入宫颈管内通过鳞柱状上皮交界处，直到几乎拭子头已看不到。旋转拭子15-20秒钟取出，不要碰到宫颈外及阴道壁。这样能保证得到更多的柱状上皮细胞，而沙眼衣原体主要寄生在柱状上皮细胞中。
2、宫颈样品也可用细胞刷（未提供）收集（注意：孕妇不可用此方法）。清洁宫颈口外后，将细胞刷插入宫颈管，通过鳞柱状上皮细胞交界处，停留2-3秒钟，旋转细胞刷两圈后取出，注意不要碰到阴道壁。
3、如果检测可以即刻进行，将取样后的拭子放入样品处理管中。
男性尿道样品：
尿道用拭子或细胞刷（未提供）可用于尿道取样。病人在取样前至少1小时内不要小便。
将拭子或细胞刷插入尿道2-4厘米，旋转3-5秒钟后取出。如果检测可以即刻进行，将取样后的拭子放入样品处理管中。
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